Когда в 1939 вспыхнула Вторая Мировая война, международное сообщение стало очень затруднено, а гражданские путешествия ограничены. Кроули попал в сильную зависимость от иностранных представителей, не имея возможности путешествовать сам. Карла Гермера, представителя Кроули в Германии, арестовало Гестапо и поместило в нацистский концлагерь по обвинению в "поиске учеников для иностранного резидента, франкмасона высокой степени, Кроули". Освобождённый в начале войны благодаря усилиям американского консула, Гермер отправился в конечном счёте в Соединённые Штаты, где, как Великий Генеральный Казначей и заместитель Кроули, вёл многие дела O.T.O.. 14 марта 1942 Кроули писал Гермеру: "Я назначу вас моим преемником на посту В.Г.О. <...> Необходимо полностью изменить структуру и методы Ордена. Тайна - основание, и вы должны выбрать подходящих людей." Другие европейские филиалы O.T.O. во время войны в основном были уничтожены или ушли в подполье. Латиноамериканские филиалы F.R.A. Крумм-Хеллера поддерживали некоторую связь с Гермером до начала 1960-х.

К концу Второй Мировой войны в 1945 продолжала функционировать только Ложа Агапэ No. 2 в Пасадене, Калифорния. В различных частях света остались отдельные посвящённые O.T.O.. Хотя Кроули принимал визиты членов O.T.O. в Англии, никакая работа в Ложе не проводилась со времени налёта полиции в 1917. За пределами Калифорнии посвящения были очень редки. Крумм-Хеллер в Мехико не провел ни одного посвящения в O.T.O., однако он послал в Калифорнию кандидата для посвящения - д-ра Габриэля Монтенегро (Брат Зопирон или Теофил).

Грэди Мак-Мёртри

Во время Второй Мировой войны два калифорнийских члена O.T.O. - Грэди Льюис Мак-Мёртри (18 окт. 1918 - 12 июля 1985) и Фридрих Меллингер (Мерлин, 1890-1970, бывший беженец из нацистской Германии), отправились в Европу по военным поручениям. Мак-Мёртри, выехавший ранее, за время своей поездки несколько раз посетил Кроули. Меллингер посетил Кроули после того, как Мак-Мёртри вернулся обратно в Соединённые Штаты.

Между Кроули и Мак-Мёртри установилось хорошее взаимопонимание, и Кроули ценил военный опыт Мак-Мёртри. В 1943 Кроули лично присвоил Мак-Мёртри IX° O.T.O., назначил его Державным Великим Генеральным Инспектором Ордена и дал ему Магическое Имя, которое тот с тех пор стал использовать: Гименей Альфа, 777.

В 1944 Кроули начал обсуждать с Мак-Мёртри возможность принятия "Халифата". 28 сентября 1944 Кроули писал Мак-Мёртри: "Я надеюсь, что вы предпочтёне мой план относительно вашей карьеры, как мой Верный Ахат, альтер эго, Калиф, и т.д." 21 ноября 1944 он написал Мак-Мёртри снова:

`Халифат.' Вы должны понять, что независимо от того, как близки наши взгляды по каким-либо объективным поводам, я обязан исходить из совершенно других предпосылок, когда имеется в виду Орден. Одной из (поражающе немногих) команд, данных мне, была: `Не верь постороннему: не потерпи неудачу с преемником.' Это было самым дьявольским для меня. Бр.·. [Сатурн], конечно, прирождённый Калиф, но имеется много деталей действующей политики или работы, которые попадают на его слепые пятна. В любом случае, он может быть только временным заместителем, из-за его возраста; я должен искать его преемника. Это было Адом, так много было подававших впечатляющие надежды, и всё упало на места каменистые. <...> Но - и здесь вы потеряли мою точку зрения в целом - я не думаю о вас как о лежащем на травянистом склоне в окружении милых ласковых любимых пушистых овечек, скачущих под вашу флейту! Напротив. Ваша фактическая жизнь, или 'кровопролитие', это вид посвящения, которое я расцениваю как первую необходимость для Калифа. Ибо начиная, скажем, с 20 лет, Внешний Глава Ордена должен, среди прочего, иметь опыт войны как она есть в актуальном факте наших дней.

Титул "Калиф", хотя, возможно, некоторое следствие чувства юмора обоих, т.к. является сокращением от слова Калифорния (штат места жительства Мак-Мёртри и расположения Ложи Агапэ), происходит от арабского слова Калифа, означающего "представитель".

В 1946 Кроули, документами полномочий на случай крайней необходимости, доверил Мак-Мёртри контроль над всей работой Ордена в Калифорнии, где в то время оставался единственный действующий филиал O.T.O.. Дополнительно Кроули назначил Мак-Мёртри своим личным представителем в США, с полномочиями, равными полномочиям самого Кроули. Эти две хартии, датированные соответственно 22 марта 1946 и 11 апреля 1946, подлежали одобрению, отмене или переработке только Карла Гермера. Гермер был хорошо осведомлён о хартиях Мак-Мёртри от Кроули, и посетил собрание Ложи Агапэ, где Мак-Мёртри представил их. В дополнение, в письме Гермеру от 19 июня 1946, Кроули сообщил Гермеру, что "Единственным ограничением его [Мак-Мёртри] власти в Калифорнии является то, что любое решение, принятое им, может быть переработано или отменено вами", таким образом отменяя обязательность предварительного одобрения Гермера.

6 июня 1947 Кроули писал Гермеру:

Похоже, вы также в сомнениях относительно преемственности. Об этом никогда не возникало никаких вопросов. С момента вашего нового появления вы единственный преемник, о котором я когда-либо думал с тех пор. Однако у меня была идея, что в виду разбросанности такого большого количества членов, вы могли бы найти полезным назначить триумвират для работы под вашим руководством. Мне представляется, ими могли бы быть Меллингер, Мак-Мёртри, и, я полагаю, Рой [Леффингвелл], хотя я всегда несколько сомневался в надёжности последнего.

За шесть месяцев до своей смерти, 17 июня 1947, Кроули написал Мак-Мёртри и сообщил ему, что хотя преемником Кроули на посту Главы O.T.O. станет Гермер, Мак-Мёртри следует готовиться на смену Гермеру.

Кроули, хотя и доверял способности Карла Гермера управлять Орденом в качестве своего преемника, по-видимому не верил в способность Гермера указать подходящего преемника самому себе. Похоже, в качестве дополнительной меры предосторожности в случае возможной смерти Мак-Мёртри или выхода его из строя, Кроули также советовал Меллингеру готовиться стать возможным преемником Гермера, в письме от 15 июля 1947. Однако Меллингер не получил таких высоких назначений, как Мак-Мёртри, и Кроули никогда не использовал термин "Калиф" в отношении Меллингера.

O.T.O. при Гермере

Кроули умер 1 декабря 1947, и в соответствии с его пожеланиями, Карл Гермер стал В.Г.О. O.T.O., оставаясь на этом посту с конца 1947 до самой своей смерти в 1962. Ложа Агапэ продолжала действовать в Южной Калифорнии до 1949, после чего прекратила регулярные собрания. Записи Ложи Агапэ, содержащие минуты встреч, аннотированные копии ритуалов, списки членов, посвящённых в различные степени O.T.O., корреспонденцию и финансовые отчёты были сохранены Джейн Вулф и различными членами Ложи.

Грэди Мак-Мёртри

После смерти Кроули была исполнена его воля и распорядители начали принимать его собственность для отправки Гермеру. Гермер получил большинство материалов из имущества Кроули и, в конце концов, взял их с собой в свой последний дом в Вестпойнте, округ Калаверас, Калифорния.

Гермер вёл тихую, уединённую жизнь и в первую очередь его интересовало издание трудов Кроули. Ему помогали несколько членов O.T.O., но, кроме продвижения ранее посвященных, новых посвящений не производилось. Гермер известил Мак-Мёртри и других, что намеревается объединить O.T.O. и поставить во главе Ордена триумвират руководителей, но этого объединения так и не произошло, пока O.T.O. руководил Гермер. Гермер учредил Лагерь O.T.O. в Англии под руководством Кеннета Гранта, члена III°, но закрыл этот Лагерь и исключил Гранта из O.T.O. 20 июля 1955, узнав, что Грант связался с Fraternitas Saturni Гроше, выпустил манифест, провозглашавший открытие новой Ложи O.T.O. под совместным руководством Гермера и Гроше, и начал видоизменять ритуалы O.T.O., всё это не уведомив Гермера.

Гермер также заинтересовался усилиями Германа Мецгера (Парагран, 1919-1990) в Швейцарии. Мецгер был учеником сохранившегося члена Швейцарской секции O.T.O. Ройсса по имени Феликс Лазерус Пинкус (1881-1947), но изначально он не поддерживал связи с O.T.O. Кроули. Гермер назначил Меллингера руководить введением Мецгера в O.T.O. Кроули, однако затем между Гермером и Мецгером возникли разногласия, продолжавшиеся до конца жизни Гермера. Фридрих Меллингер после смерти Гермера писал, что Мецгер потерпел неудачу в соответствии программе инструкций, высланных Мецгеру Гермером под попечение Меллингера. В соответствии с неким источником, Мецгер утверждал, что уполномочен Габриэлем Монтенегро как X° в Соединённых Штатах. Однако Монтенегро никогда не имел подобных полномочий и даже никогда не упоминал ни о каком назначании Мецгера в O.T.O. своим коллегам по O.T.O. в США.

Члены O.T.O. в Калифорнии пытались активно влиять на Гермера, чтобы вновь открыть общий доступ в O.T.O.. В корреспонденции было выражено опасение, что отказ от посвящений новых членов O.T.O. приведёт O.T.O. к полному упадку. В 1959 Мак-Мёртри назначил в Лос Анджелосе встречу, на которую были приглашены члены Ложи Агапэ и другие, с целью попытаться создать единый фронт давления на Карла Гермера для возобновления посвящений в O.T.O.. Мак-Мёртри был готов воспользоваться своими полномочиями от Кроули, чтобы поддержать эту идею. Д-р Монтенегро был против такой идеи, и другие не сумели предоставить какую-либо поддержку; идея была оставлена. 21 ноября 1960 Монтенегро писал Мак-Мёртри, чтобы обозначить свою оппозицию этой идее.

Гермер уполномочил Мак-Мёртри сформировать ядро нового общего доступа в O.T.O., но Гермер и Мак-Мёртри поссорились из-за личного займа и по другим причинам. Безотносительно различий, которые могли иметь место, положение было не самое лёгкое, Гермер даже рассматривал отмену или переработку хартий Мак-Мёртри от Кроули. Мак-Мёртри потерял работу в Калифорнии из-за проблем со здоровьем и переехал в Вашингтон в марте 1961. Там он преподавал политическую науку в Университете Джорджа Вашингтона, работая аналитиком по менеджементу для Правительства США. Он также руководил Вашингтонским Шекспировским Сообществом.
Междуцарствие

Гермер умер 25 октября 1962, не указав преемника. Последней волей и завещанием Гермера было назвать свою жену Сашу и Фридриха Меллингера распорядителями его имущества в вопросе собственности, принадлежащей O.T.O.. Саша была пожилой женщиной в не очень здравом уме и отстранилась от оставшихся в живых членов O.T.O. в Калифорнии. Имущество Гермера не было унаследовано. Некоторые высшие члены, в том числе и Грэди Мак-Мёртри, не были извещены о смерти Гермера в течение нескольких лет, что вызвало большую задержку, прежде чем к вопросу о преемственности в руководстве O.T.O. обратились должным образом.

Мецгер в Швейцарии обнародовал намерение стать Внешним Главой Ордена на основании закрытых выборов, представленных состоявшимися в Швейцарии 6 января 1963. Высшие члены O.T.O. за пределами Швейцарии, в том числе и Фридрих Меллингер, которого Гермер назначил наставником Мецгера, не были осведомлены о заявленных выборах вплоть до постановки перед предполагаемым фактом. Копию манифеста Мецгера выслали Уилфреду Смиту, который был мёртв с 1957. Мецгера не признали главой Ордена за пределами его собственной группы. Саша сделала нерешительную попытку выслать принадлежащие O.T.O. материалы Гермера Мецгеру, но она была блокирована Меллингером в письме от 25 сентября 1963, которое осуждало Мецгера как мошенника. Позже Мецгер включил свою систему O.T.O. как часть новой организации его собственной редакции, "Ordo Illuminatorum", которая была заявлена как возрождение ордена Иллюминатов. Мецгер умер в 1990.

Джон Парсонс

Кеннет Грант (р. 1924) также претендовал на пост Внешнего Главы Ордена, но до этого уже был исключен из членов Гермером. М-р Грант оспаривал своё исключение, заявляя, что никогда не признавал Карла Гермера главой O.T.O.. Однако в своих трудах 1950-х, и в частности, в манифесте Ложи Новой Изиды, Грант ссылался на Брата С. (Сатурн, т.е. Карл Гермер) как на международного главу O.T.O.. Организация Гранта утверждала, что O.T.O. прекратил своё существование как членская организация в традиционном смысле наличия Лож и церемониального дарования степеней. Организация Гранта также игнорировала Гностическую Мессу, которая была, по Кроули, "центральной церемонией публичного и частного празднования [O.T.O.]".

O.T.O. при Мак-Мёртри

Оценив критическое положение, в которое Орден попал после смерти Гермера, Мак-Мёртри решил воспользоваться своими документами полномочий на случай крайней необходимости, полученными от Кроули, и принять титул "Калифа O.T.O.", как было указано в письмах Кроули Мак-Мёртри в 1940-х. В качестве двух свидетелей, необходимых, как он полагал, для этого действия, он выбрал д-ра Израэля Регарди (1907-1985) и Джеральда Йорка (1901-1983). Мак-Мёртри ссылался на этих двоих как на "Глаза Гора", как на двух наиболее видных оставшихся личных учеников Кроули. Он посоветовался с ними относительно своих планов восстановить O.T.O., используя свои письма полномочий от Кроули, и попросил их поддержки, которая была оказана. Мак-Мёртри закончил активацию своего Халифата в июне 1969, посланием Герману Мецгеру в Щвейцарию.

После активации Халифата, оставшиеся члены O.T.O. периода Гермера и Кроули были приглашены присоединиться к Мак-Мёртри, чтобы возобновить регулярную деятельность O.T.O.. В Соединённых Штатах к тому моменту было менее дюжины оставшихся старых членов O.T.O.. Сестра Мираль, Сестра Гримо, Милдред Бёрлингем и Габриель Монтенегро выказали готовность видеть O.T.O. доступным для широкой публики. Рэй Бёрлингем умер несколько лет назад, а д-р Монтенегро - 14 июля 1969, незадолго до того, как стало возможным провести организационное собрание. Фридрих Меллингер востановил свои контакты с Теософским Обществом и был по существу бездействующим в O.T.O. приблизительно с 1956, не считая его письма 1963, блокирующего исполнение воли Гермера в пользу Мецгера. Меллингер умер 29 августа 1970. В 1969 и 1970 Мак-Мёртри, Бёрлингем и Сёстры Мираль и Гримбо начали производить посвящения. 28 декабря 1971 в штате Калифорния была зарегистрирована Ассоциация Ordo Templi Orientis, чтобы стать юридическим лицом для O.T.O..

Саша Гермер умерла в апреле 1975, и, в 1976, когда стало известно о её смерти, Ассоциация O.T.O. Мак-Мёртри подала в суд запрос о получении оставшихся архивов O.T.O., находившихся у неё на хранении. Такое распоряжение было выдано Верховным Судом округа Калаверас, Калифорния, признав тем самым Грэди Мак-Мёртри полномочным представителем O.T.O., и зарегистрировано 27 июля 1976.

При Мак-Мёртри, как Калифе или действующем Главе O.T.O., было произведено несколько попыток привлечь новых членов в O.T.O. и сделать Орден публично известным. В 1970 O.T.O. опубликовал карты Таро Тота Кроули, иллюстрированные леди Фридой Харрис, с Дублинским адресом. Отклик был медленным, но несколько новых членов были посвящены в результате усилий, сосредоточенных в Дублине, Калифорния, в Колледже Телемы и в Сан-Франциско в Конторе Каабы. Деятельность в Сан-Франциско свернулась, и один новый член ушёл. Дублинская активность продолжалась в течении двух лет, и затем была перенесена в Беркли, Калифорния.

В 1977 Мак-Мёртри стал проводить посвящения в O.T.O. у себя дома в Беркли, Калифорния, и создал там группу. 26 марта 1979 e.v. O.T.O. был зарегистрирован на основе законодательства штата Калифорния. О создании этой организации были уведомлены все, когда-либо называвшие себя в печати членами O.T.O., а также все известные бывшие члены. Им было предоставлено время, чтобы заявить о продолжении членства в соответствии с прецедентом, имевшим место при Карле Гермере. В 1982 Орден был освобождён от федерального налога как религиозная организация по Кодексу IRS 501©3.

Судебное разбирательство

Карл и Саша Гермеры

Марчело Рамос Мотта (1931-1987) приложил немало усилий, чтобы взять на себя управление O.T.O. под именем "Общество Ordo Templi Orientis". М-р Мотта в течение ряда лет был личным учеником A.·.A.·. Карла Гермера, но формально так и не получил хартий Посвящать или управлять Ложей. Фактически он даже не был формально посвящён в O.T.O.. После смерти Гермера Мотта объявил себя его преемником и основал группу O.T.O. у себя на родине, в Бразилии. Поначалу Мотта признал Кеннета Гранта главой O.T.O., но затем отказался от признания, узнав, что Гермер исключил Гранта из Ордена. В конце концов Мотта приехал в Соединённые Штаты и заявил претензии на авторские права Кроули. Сперва он возбудил судебный процесс против компании Сэмюэля Вейзера, опубликовавшей множество работ Кроули, за нарушение авторских прав и торговой марки, утверждая, что является единственным законным представителем O.T.O. Кроули. Окружной суд США в Мэне решил дело в пользу Вейзера. Судья нашёл, что заявления Мотта относительно O.T.O. не соответствуют критериям юридического обоснования. O.T.O. Мак-Мёртри не участвовал в этом деле и не послужил фактором в решении суда.

В период процесса в Мэне O.T.O. Мак-Мёртри возбудил дело против Мотта, заслушанное в 9-м федеральном окружном суде в Сан-Франциско. Этот Сан-Францискский процесс был завершён в 1985, и Мотта снова проиграл. Суд признал O.T.O. Мак-Мёртри продолжателем O.T.O. Алистера Кроули и эксклюзивным владельцем имён, торговых марок, авторских прав и прочих атрибутов O.T.O.. Мак-Мёртри был признан легитимным главой O.T.O. в Соединённых Штатах. Решение 9-го окружного суда также признаёт O.T.O. Мак-Мёртри легальной членской организацией. Это решение было обжаловано и поддержано в высшей инстанции. Грэди Мак-Мёртри умер 12 июля 1985, вскоре после того, как 9-й окружной суд вынес свой первоначальный вердикт, однако процесс обжалования установил, что O.T.O. продолжает своё существование как организация.
O.T.O. сегодня

Вместо того, чтобы указать на своего преемника, Мак-Мёртри пожелал, чтобы преемник был избран голосованием Суверенного Святилища O.T.O. после его смерти. Выборы состоялись 21 сентября 1985, с участием двух оставшихся членов Ложи Агапэ, и Брат Гименей Бета был избран на смену Брату Гименею Альфа Калифом и действующим В.Г.О. O.T.O.. Гименей Бета остаётся на своём посту и по сей день.

В начале 1996 было основано новое общество, чтобы продолжить работу Великой Ложи O.T.O. в США, а прежнее общество реорганизовалось в Международный Штаб O.T.O.. 30 марта 1996 Национальным Генеральным Гроссмейстером Верховной Ложи в США был назначен Сабазий X°.