Христианство проникло в Среднюю Азию из Персии, куда оно было принесено сирийцами; сирийский язык остался языком богослужения как у персидских, так и у среднеазиатских христиан. Принятие Христианства римскими императорами вызвало гонение на христиан в Персии и переселение части христиан на Восток; с 334 г. упоминается христианский епископ в Мерве. В V в. принятие персидскими христианами несторианства и разрыв их с Римом и Константинополем примирили с ними персидских царей; с тех пор распространение Христианства в Средней Азии было главным образом делом несториан, хотя в этом деле принимали некоторое участие яковиты и, в меньшей степени, православные сирийцы (мелькиты).

В несторианских синодах 410—671 г. участвовали митрополиты и епископы Мерва, Герата и др. Распространение Христианства среди турков началось в VII в.; в том же столетии Христианство проникло в Китай (по-видимому, морским путем); памятник в Китае — камень с китайско-сирийской надписью в Си-ань-фу (781). Несторианские общины были в Средней Азии и в период господства ислама; в X в. упоминаются христианские селения Вазкерд (в горах к Ю. от Самарканда) и Винкерд (около места впадения Чирчика в Сырдарью).

В 1007 г. Христианство принял народ кераитов в Монголии; в XII в. была учреждена митрополия в Кашгаре, которой была подчинена также южная часть Семиречья. К XIII—XIV вв. относятся христианские кладбища с сирийскими надписями, открытые в 1886 г. в Семиречье (около Токмака и Пишпека) и в 1902 г. в Кульджинском крае; несторианские селения существовали в ? II ? в. и в сев. части Семиречья. В начале XIII в. было много христиан среди кочевых найманов (в западной части Монголии) и оседлых уйгуров. Слухи о распространении Xристианства на дальнем Востоке вызвали в Европе представление, что нашествия с Востока, которым подвергался мусульманский мир в XII и XIII вв., были делом христиан; получила широкое распространение легенда «о священнике Иоанне», будто бы соединявшем в себе достоинства царя и первосвященника. Христианские кераиты, найманы и уйгуры имели значительное влияние при дворе Чингисхана и его преемников в Китае, Средней Азии и Персии; о быте несториан в Монголии подробно говорит путешественник Рубрук (1253 г.).

В XIV в. с несторианством вступает в борьбу католическая пропаганда; возникают католические епархии в Пекине, Алмалыке и Самарканде; вследствие развития торговли проникают в Среднюю Азию и христиане других исповеданий; на берегу оз. Иссык-Куль был армянский монастырь, в котором показывали мощи св. апостола Матфея. Успехи ислама и буддизма в XIV в. прекратили деятельность как несторианских, так и других христианских миссионеров. Кровавое гонение на христиан упоминается в 1338 г. (в Семиречье и Кульджинском крае), но оно продолжалось недолго; предание о насильственном истреблении остатков Христианства Тимуром не подтверждается письменными источниками. Христианство исчезло постепенно, вследствие прекращения сношений со странами христианской культуры, не оставив по себе никаких существенных следов, кроме алфавита сирийского происхождения, перешедшего от уйгуров к монголам и маньчжурам, и некоторых культурных слов.