Авторы разнятся в том, как лучше всего определять атеизм, о каких именно сверхъестественных сущностях идёт речь, утверждает ли атеизм их отсутствие, является ли атеизм осознанным прямым отрицанием всего сверхъестественного.

Было предложено несколько способов выделить различные виды атеизма (как правило, приравниваемого к «отсутствию веры в богов» в наиболее широком смысле).

Широта понятия

Часть неясностей и споров, касающихся определения атеизма, возникают из неоднозначностей в определениях таких слов, как «божество» и «бог». Так как существует множество совершенно разных представлений о сверхъестественном, возникли различные мнения относительно того, к каким из них имеет отношение термин «атеизм». Если считать «теизм» верой в единого персонифицированного бога, то людей, верящих во множество других богов, деистов и даже политеистов можно классифицировать как атеистов. В XX веке такой подход утратил популярность, так как термин «теизм» начал пониматься скорее как проявление веры в любое божество.

В зависимости от широты определения, под атеизмом может пониматься неприятие различных концепций, начиная от существования бога, заканчивая существованием чего угодно духовного, сверхъестественного или трансцендентного, включая концепции индуизма и буддизма.

Выраженный и невыраженный атеизм

Определения атеизма также различаются в том, насколько понятие бога должно быть осмыслено человеком, чтобы он мог называться атеистом. В самом широком смысле, атеизм может рассматриваться как отсутствие веры в богов. Ещё в 1772 году Гольбах писал: «Все дети атеисты; у них нет никаких представлений о боге». Джордж Генри Смит (1979) предложил: «Человек, незнакомый с теизмом, является атеистом, поскольку не верит в бога. Эта категория также включает и детей, способных понять, что стоит за атеизмом, но ещё не знакомых с понятиями, с ним связанными. Сам факт того, что ребёнок не верит в бога, уже делает его атеистом». Смит, таким образом, ввёл понятие «невыраженный атеизм», описывающее «отсутствие теистического верования без осознанного его отрицания», и понятие «выраженный атеизм», описывающее более общепринятое определение осознанного неверия. Но подобная точка зрения была оспорена, так как это определение включает в себя новорождённых и тех, кому неизвестны теистические идеи в принципе.

Точка зрения, что дети рождаются атеистами, появилась сравнительно недавно. До XVIII столетия существование бога было настолько общепринято в западном мире, что даже сама возможность существования «истинного» атеизма отрицалась. Доктрина о том, что все люди верят в бога с рождения, называется «Теистическим учением о припоминании». Согласно этому учению, атеисты просто отрицают очевидное. Также часто можно услышать мнение, что не существует «атеистов до глубины души» и в критических ситуациях («в окопах нет атеистов»), например, на смертном одре атеисты вдруг начинают верить в бога. Атеисты оспаривают подобные утверждения, приводя примеры «атеистов до глубины души». Также в ответ были созданы атеистические организации среди военного персонала.

Сильный и слабый атеизм

Философы, такие, как Энтони Флу и Майкл Мартин, различают сильный (позитивный) и слабый (негативный) атеизм. Сильный атеизм — отстаивание утверждения, что богов не существует. Слабый атеизм включает в себя все остальные формы отсутствия теизма. Согласно этому разделению, любой человек является либо теистом, либо «сильным», либо «слабым» атеистом. Термины сильный и слабый появились сравнительно недавно, однако эквивалентные им термины негативный и позитивный атеизм уже использовались в философской литературе и (в несколько ином смысле) католическими апологетами. Согласно такому разграничению атеизма, большинство агностиков являются «слабыми» атеистами.

В то время, как агностицизм может считаться «слабым» атеизмом, большинство агностиков отделяют свои взгляды от атеизма, который они считают не более обоснованным, чем теизм. Предполагаемая недостижимость знания о существовании или несуществовании бога рассматривается как признак того, что атеизм не обходится без слепой веры. Обычный ответ атеистов заключается в том, что недоказанные религиозные высказывания заслуживают ровно столько же недоверия, сколько заслуживают все другие недоказанные утверждения, и что недоказуемость существования бога не подразумевает, что его существование и несуществование равновероятны. Шотландский философ Джон Смарт также утверждает, что «иногда человек, в действительности являющийся атеистом, может называть себя агностиком из-за необдуманного обобщения философского скептицизма, который предостерегает нас от утверждения того, что мы что-то знаем кроме, разве что, математики и формальной логики.» Как следствие, некоторые из популярных писателей-атеистов, например, Ричард Докинз, предпочитают различать теистические, агностические и атеистические взгляды по вероятности, приписываемой правдивости утверждения «бог существует».