В 1278 году Генрих, аббат цистерцианского монастыря в Седлеце, пригороде Кутна-Горы, был послан чешским королём Отакаром II в Святую Землю. Обратно он привёз немного земли с Голгофы и рассыпал её по кладбищу аббатства. Весть об этом распространилась, и кладбище стало популярным местом захоронения среди жителей Центральной Европы. Многие тысячи людей желали быть похороненными на этом кладбище. Средневековые войны и эпидемии, в частности эпидемия Чёрной смерти в середине XIV века и гуситские войны в начале XV века, пополняли кладбище, которое в результате сильно разрослось.

Около 1400 года в центре кладбища был построен готический собор с усыпальницей. Усыпальница должна была служить складом костей, извлечённых из могил, поскольку места на кладбище не хватало. Освободившееся место могло быть использовано для новых погребений или для строительства. Согласно легенде, после 1511 года работу по извлечению скелетов из могил и складированию их в усыпальнице выполнял полуслепой монах цистерцианского ордена.

В 1703—1710 гг. собор был перестроен: добавлен новый вход, чтобы поддерживать наклонившуюся наружу стену, и верхний ярус перестроен в стиле барокко.

В 1784 году император распорядился закрыть монастырь. Часовню и монастырские земли купила семья Шварценбергов.

В 1870 году Шварценберги наняли резчика по дереву Франтишека Ринта (František Rint) для того, чтобы он привёл в порядок груду сложенных костей. Результаты его труда говорят сами за себя. По четырём углам собора расположены огромные колоколообразные груды костей. С середины нефа свисает огромный костяной канделябр, содержащий по меньшей мере один экземпляр каждой из человеческих костей, и украшенный гирляндами черепов. Среди других произведений искусства можно отметить алтарные дароносицы, расположенные по бокам алтаря, а также большой фамильный герб Шварценбергов и подпись мастера Ринта, также из костей.

Часовня открыта для посетителей 7 дней в неделю, с утра до вечера. За небольшую дополнительную плату можно фотографировать.